As emissões locais de gases de efeito estufa decorrentes da realização da Rio+20 serão compensadas por meio das "reduções certificadas de emissão" (RCEs). Seis empresas brasileiras participantes de projetos no marco do Mecanismo de Desenvolvimento Limpo (MDL) do Protocolo de Quioto doaram à Rio+20 RCEs suficientes para compensar as emissões locais, decorrentes do consumo de combustíveis em fontes fixas como geradores, do transporte terrestre oficial, do consumo de energia elétrica e da disposição de resíduos.

As emissões das viagens aéreas serão compensadas através da doação voluntária dos participantes, via ferramenta on-line dedicada a este uso.
 
As empresas Estre, Nova Gramacho Energia Ambiental e Gás Verde, Plantar, Rima, Tractebel Energia - GDF Suez e V&M do Brasil foram as doadoras.

O uso do MDL garante reduções de gases de efeito estufa reais e mensuráveis, o que dá transparência ao processo, além de contribuir para as ações de sustentabilidade promovidas pela Rio+20.

A administração dos recursos provenientes da operação está a cargo do Programa das Nações Unidas para o Desenvolvimento (PNUD).